Avizo用户使用手册-19
[TOC]
Chapter 19
19 Avizo XBioFormats Extension
关于Bio-Formats
Bio-Formats是一个用于处理生命科学图像数据的流行Java库（http://www.openmicroscopy.org/site/products/bio-formats）。Bio-Formats集成使Avizo能够读取140多种文件格式的图像和元数据。要获取所有受支持文件格式的列表以及更多信息，请访问：https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.8.2/supported-formats.html。为了便于在不同软件包和组织之间交换数据，Bio-Formats把以专有文件格式存储的数据转换为一个称为 OME Data Model 的开放标准，特别是转换为OME-TIFF文件格式。
Bio-Formats元数据
Bio-Formats把元数据分为三个层次：
- Core metadata（核心元数据）：这是理解图像基本结构所必需的信息，包括图像维数、焦平面数量、时间点、通道、字节序、维度顺序、颜色排列（即RGB、索引色或独立通道）以及缩略图维数。
- Original metadata（原始元数据）：这是特定于某一文件格式的信息。这些字段是原始格式中的键/值对，不保证跨格式的命名一致性或兼容性。命名法在不同格式之间往往有差异，因为厂商可以自由使用他们自己的术语。
- OME metadata（OME元数据）：这是由Bio-Formats把Core元数据和Original元数据转换到OME数据模型后的信息。执行这一转换是Bio-Formats的首要任务。
Bio-Formats集成
之后，向Avizo中的集成会把打开的图像和元数据组织进Avizo原生的数据结构、连同其众所周知的参数束（parameter bundle）中。在此过程中，标准的图像信息（例如体素大小、矩阵维数等）会被指派到相应的标准Avizo参数束中。所有元数据都存储在一个专门的Bio-Formats参数束中。Bio-Formats集成能够把数据作为标量场、颜色场和多通道场打开，也能打开平铺（tiled）图像和时间序列。
Bio-Formats库被无缝集成进Avizo中。Avizo会优先使用它自己的格式实现，因此如果某种文件格式是Avizo已知的，出于性能原因会使用Avizo的原生读取器。要用Bio-Formats读取这样的文件，需要使用 Open Data As… 文件对话框来打开它，并选择Bio-Formats作为首选读取器。对于Avizo没有原生读取器的文件，会自动使用Bio-Formats加载。
对于可能无法装入系统内存的 大数据 集，也可以直接把它们转换为Avizo的 LDA多分辨率格式。这种直接转换会为每一个3D体创建单独的LDA文件，例如一个有10个时间步的时间序列将产生10个LDA文件，作为一个时间序列加载到Avizo中。这将允许对比系统内存更大的数据进行可视化和 子体提取，以便进一步处理。当数据大小超过 Preferences Dialog 中所指定的某个阈值时，会打开Avizo的LDA对话框，可以由此启动转换；也可以使用 Convert to Large Data Format 模块来启动转换。
注意：目前，多通道时间序列的设置（例如每个通道的颜色映射表和取值范围）无法保存在Avizo项目文件中。
命令
警告：Bio-Formats读取器是一个独立库的一部分。当你直接使用TCL命令时，这将要求你使用下面的命令来手工加载这个独立的库：
下面这些TCL命令可以用来对Bio-Formats读取器进行参数化。
2
3
<channelId>] [-xmin <xmin> -xmax <xmax> -ymin <ymin> -ymax <ymax>
-zmin <zmin> -zmax <zmax>] [-filledRGB <status>] <fileName>这条命令使用绝对路径或相对路径读取一个图像文件
<fileName>。
- 可以使用
-series选项读取某个特定的系列号。如果未定义-series选项，默认设置是读取所有的系列。- 可以使用
-time选项读取某个特定的时间步。如果未定义-time选项，默认设置是读取所有的时间步。- 可以使用
-channel选项读取某个特定的通道号。如果未定义-channel选项，默认设置是读取所有的通道。- 可以使用边界框参数（以像素为单位）
-xmin、-xmax、-ymin、-ymax、-zmin和-zmax读取某个特定的体。如果未定义这些可选参数，默认设置是读取该文件的体最大值。- 可以使用
-filledRGB选项强制填充RGB颜色通道（status=1：强制填充，status=0：不填充）。如果未定义-filledRGB选项，默认设置是在没有必要时不填充RGB颜色通道。
该命令返回在项目视图中所创建的数据对象的标签。注意：Bio-Formats从文件中获取的所有元数据都会作为所创建对象的参数被复制过去。
1 | bioFormats canRead <fileName> |
这条命令检查该图像文件是否可以被读取。
如果 <fileName> 可以被读取，该命令返回值1，否则返回0。
1 | bioFormats format <fileName> |
这条命令向Bio-Formats询问 <fileName> 的文件格式。
该命令返回Bio-Formats所检测到的格式（以字符串形式）。
1 | bioFormats info [-series <seriesId>] <fileName> |
这条命令读取该图像文件的信息（Bio-Formats所获取的全部元数据）。可以使用 -series 选项获取某个特定系列号的元数据。如果未定义 -series 选项，默认设置是依次获取所有系列的元数据。
该命令返回一个 key:value 对的列表。
1 | bioFormats getInfo [-series <seriesId>] -param <parameter> <fileName> |
这条命令获取 <seriesId> 图像文件的 <parameter> 的信息。如果未定义 -series 选项，默认设置是只读取系列0。如果 <parameter> 在元数据字典（Basics、Extended）中被找到多次，则会返回值的列表。
该命令返回 <parameter> 的信息。
1 | bioFormats omexml <fileName> |
这条命令读取可用的或已填充的OME XML头文件。
该命令返回以XML树形式呈现的相关元数据。XML格式为OME-XML。
1 | bioFormats getSeriesCount <fileName> |
这条命令获取与该图像文件相关联的系列数。
该命令返回系列数。
1 | bioFormats getDims [-series <seriesId>] <fileName> |
这条命令获取 <seriesId> 的数据维数 {SizeX SizeY SizeZ SizeC SizeT}。如果未定义 -series 选项，默认设置是读取所有的系列。
该命令返回数据维数的列表。
环境变量：
-Xms 和 -Xmx 命令行选项可用于改变JRockit JVM的行为，以更好地适应Bio-Formats读取器Java应用程序的需要。
-Xms 选项设置初始的、也是最小的Java堆大小。默认分配的内存为256MB。要改变这个大小，添加下面的环境变量并设定新的大小：
HX_JAVA_HEAP_SIZE_MIN=<size>[g|G|m|M|k|K]
-Xmx 选项设置最大的Java堆大小。默认分配的内存为64GB。要改变这个大小，添加下面的环境变量并设定新的大小：
HX_JAVA_HEAP_SIZE_MAX=<size>[g|G|m|M|k|K]
